O enredo de Evangelion se passa em 2015, em um mundo que acabara de ser reconstruído após a dizimação de metade da humanidade na catástrofe que ficou conhecida como “Segundo Impacto”. O Japão ganha uma capital provisória, a Tokyo-2, cujo Governo promove a construção da futura capital denominada Tokyo-3. Mas a construção da nova metrópole serve apenas de fachada para erguer uma cidade-fortaleza com tecnologia altamente avançada para resistir à ofensiva dos Anjos, monstruosos seres, cujo ataque já havia sido previsto pela humanidade.

A organização especial paramilitar, denominada NERV, foi incumbida da missão de combater tais ameaças usando mechas gigantes chamados de Evas, que são pilotados por jovens rigorosamente selecionados. Um deles é Shinji Ikari, um tímido adolescente. Na realidade, há mais de dez anos ele foi abandonado pelo pai, Gendo Ikari, atual comandante supremo da NERV. Aos 14 anos, Shinji é chamado por ele para pilotar o incrível EVA-01, a última esperança da humanidade na batalha contra os Anjos. Assim dá-se início a uma aventura inigualável em que ficção científica se mistura aos sentimentos mais complexos e profundos do ser humano.